SSR标记

SSR标记

SSR标记，又称微卫星标记（microsatellite），又称为短串联重复序列(short tandem repeats,STRs)或简单重复序列（simple sequence repeats），是均匀分布于真核生物基因组中的简单重复序列，由2～6个核苷酸的串联重复片段构成，由于重复单位的重复次数在个体间呈高度变异性并且数量丰富，因此微卫星标记的应用非常广泛。微卫星位点通常通过PCR扩增，扩增产物通过电泳分析并根据大小分离等位基因进行检测。

微卫星DNA的多态性

每个微卫星DNA都有核心序列和侧翼序列组成，侧翼DNA序列位于核心序列两点，是保守的特异性单拷贝序列，能使微卫星特异第定位于染色体常染色质去的特定部位。

根据微卫星DNA两端的序列的保守性，设计一对特异性的引物，利用荧光标记的PCR引物对微卫星位点进行扩增，然后通过高分辨率的凝胶电泳对扩增片段进行分离，通过荧光检测系统确定扩增片段的长度以检测分析微卫星序列的多态性。如图所示。同一物种，不同亚种间存在的微卫星多态性，表现出来的卫星性串联数的不同，根据这个不同便可用于标记或区分或鉴定同一物种的不同亚种，或相似物种，这样可根据每个物种的相应引物所扩增的条带，得到的电泳图谱反应出扩增条带的大小 或类型或数量 或者他们的组合 也不同，将这样的信息通过一定规则的编码 形成数字化的号码或二维码 即可得到该物种的身份信息，即DNA指纹图谱。红色字体"TGTGTGTGTGTG"便是短串联重复序列(short tandem repeats,STRs)或简单重复序（simple sequence repeats）。